V obci Všeň je a byl prvotním zdrojem ohrožení stav na toku Jizera. V minulosti došlo mnohokrát k rozlivu Jizery na levý břeh, zaplavení, polností, luk, zahrad i sídel obyvatel obce Všeň. Poslední velká zdokumentovaná povodeň je z roku 2006, kdy vodní hladina Jizery výrazně přesáhla mez 3. Stupně povodňové aktivity. Průběh povodní má obvykle podobnou posloupnost událostí a rok 2006 nebyl výjimkou.

Nejprve došlo k očekávanému naplnění běžného koryta a vlivem naplněnosti k nemožnosti vtoku levobřežních přítoků a jejich následnému rozlivu. S navyšující se hladinou dochází ke zpětnému vzdmutí Jizery proti proudu přítoků směrem k zastavěnému území části Ploukonice a Mokrý. V Ploukonicích voda obvykle zaplavuje nejprve oblast v blízkosti hasičské zbrojnice, hřiště a přilehlé zahrady. Kanalizaci a svodnicemi voda stoupá až na komunikaci mezi mostem přes Jizeru (ten mimo jiné zadržuje spláví a jen díky včasnému odstraňování nebyla ohrožena statika mostní konstrukce) a návsí části Ploukonie u staré hospody. Voda už v tu chvíli zaplavila sklepy, zahrady a mnohdy i vchody domů v části Ploukonice. Situace tehdy mohla být ještě dramatičtější, pokud by se ke zpětnému vzdmutí přidali ještě bleskové povodně způsobené srážkami v lokalitě v blízkosti třech rybníků, které bezprostředně sousedí s Ploukonicemi. Tato situace však nenastala.

V části Mokrý taktéž k naplnění koryta protékajícího Modřišického potoka. K rozlivu dojde na obou březích, v blízkosti nedávno renovovaného dětského hřiště a především v blízkosti sídel. Částečné zatrubnění toku spíše zhoršuje situaci. Dojde k zaplavení sklepů a části přízemí obytných domů a přilehlých staveb.